あの日、あの場所からすべてが始まった。

　忘れ去られた者たちが集まる世界から帰還した少年。それはいつか願ってしまった「罪」というものに対する「罰」だったのかもしれない。

「月光館学園……？」

　少年が新たにその足を踏み入れたのは強大なグループによって設立されたひとつの私立学校。まさか再び戦いに足を踏み入れることになるとは……この時はまだ少年は想像もしていなかった。

「あれは……シャドウ！？」

「そこの人、大丈夫ですか！？」

「影時間に誘われた人間……いや、まさか適応者か！？」

　少年の目の前に立つ巨大な「シャドウ」。そこに現れた複数人の少年少女たち。彼らとの出会いが再びその手で力を振るうことになるきっかけになろうとは。

　彼らが戦う理由、それは「影時間」を消すこと、そして奇病の如く発生している「無気力症」から人々を救うためだった。

「はじめましてだね、僕の名前は……「ファルロス」。もうすぐ「滅び」が来るよ？」

　少年の前に現れた謎の少年「ファルロス」が言う滅びとは一体。

「あなたは「死」を恐れるの？」

「なんや、お前さんも「ペルソナ使い」やったんか」

「あなたはその力をどう考えているのです？　何のためにその力を使うのです？」

　少年の前に現れた「ＳＥＥＳ」とは違う３人だけのグループ「ストレガ」。彼らの目的とは、彼らが「ペルソナ使い」である理由とは。なぜ「ＳＥＥＳ」と敵対するような行動をとるのか。

「すべて、すべてあんたの掌の上だったってことかよ！」

「そう、そして僕は新世界の皇子になるのだよ！」

　突きつけられたものは「すべてが偽りという真実」。すべては「救済という名の滅び」のためにあったという「最悪の答え」。生贄の時間が迫る、少年少女たちの犯した「罪」への「罰」が下される時間は近い……。