線画のレイヤーのレイヤーモードを乗算にしてみて下さい

gimp-painterを使ったことが無いのを前置きした上で述べますが
レイヤを複数つかわないで一枚のレイヤに線を引いて
自動選択ツールで選択したとこに色を乗っける描き方をしていて、
自動選択ツールの選択色設定数が少ないので
フチが塗り残されてるのではなかろうかと推測してみる。
エスパーじゃないのでよくわからんけど。

gimp-painterを使ったことがなく、さかなやさあやさんがどのような工程でイラストを描いているかもわからないので、説明下手なのもあり的確なアドバイスではないかも知れませんが…。

おそらく自動選択ツールを使ってパーツの範囲を指定していらっしゃるものと思いますが、自動選択ツールを使用したとき、線のアンチエイリアスのかかった部分がうまく選択されず縁が選択漏れで白く残ってしまう事があります。
ツールの設定で解決する事も出来ると思いますが、それは私にはわからないので同じソフトを使用したメイキングなど探してみてください。

どのソフトでも使われている手としては、自動選択ツールで選択した範囲を1px拡大するやり方があります。それより仕上がりを綺麗にしたい場合は、大まかな部分は投げ縄などで、縁や細かい部分はブラシなどで塗っていくやり方もあります。
もし天狛燈火さんの仰るように線画と塗りを1枚のレイヤーで今の塗りをされているのでしたら、まず線画と塗りのレイヤーを分けて、線画レイヤーを一番上に置いてやってください。

パーツ毎にレイヤーを分けている場合、上に別パーツのレイヤーが重なる部分ははみ出して塗ると楽だし塗り残しも少ないのでよくやります。
例えば上から線画-髪-服-肌となっていれば、髪ははみ出さないようにしますが、肌は髪と服に重なっている部分はざっくりはみ出して塗るといった感じです。

takahaakiraです。

他の方はレイヤーについて述べてるのでレイヤーなしでの解決方法を言いますと、

①gimp-painterというのがどういうのか私は知らないけど大抵のペイントソフトには塗り（バケツツール、ベタ塗り）時のオプションにアンチエイリアスの設定があって。つまりわかりやすく言えば線のグレーも引っ掛けて塗りつぶしますか？みたいな。
この設定をＯＮにすれば多少のグレー部は塗りつぶしてバケツツールが行われます。上の匿名さんも仰いましたが絵で見ました大抵の線の塗りつぶしのグレー残りは実線に薄いグレーが乗っかってる為にバケツツール、範囲指定での塗りつぶし時に実線のグレーが選択されず塗った時にこまかいグレーが残るのです。

②これまた上の匿名さんも仰いましたがマジックワンド等範囲選択ツールの時にツールの上のオプションにあると思いますが選択範囲の拡張があると思います。（gimp-painterのことはわかりませんが）程度にもよりますが１もしくは２ピクセル程度拡張すれば線の薄いグレーを塗りつぶしてくれる事でしょう。ただし拡張の程度を強くしすぎると実線が薄くなるもしくは消えるので注意　上のアンチエイリアスにも当てはまりますが。

③　高解像度（300dpi程度）で作業して完成時に解像度を落とす。
普段解像度はどの位でやってらっしゃいますでしょうか。
webの掲載解像度は72dpi程度です。
高解像度で作業すれば完成時にweb掲載解像度に落とす際に多少の線に残ったグレーは誤魔化してくれます。
この絵の原寸は1700x2200程度とかなりでかいですがブラウザサイズ（半分程度の大きさ）だと大抵のグレーは目だってませんし。それと同じ要領。
解像度の話しを抜きにすると出来たイラストを若干縮小する、というのも有効だと思います。

大体そんな所でー