自動選択→塗りつぶしツールで塗ってはいませんか？

主線の周りが白っぽくなるのはまあ、一言ですませば「手抜き工事の結果」です。
貴方が手を抜いたという意味ではないですよ？その時出来うるベストは尽くしたんだとは思います。
一手間入れる必要がある部分が抜けている、という意味の比喩表現と受け取って下さい。
さて、添付画像に図解しましたのでご覧下さい。

多くの画像処理ソフトは線をなめらかに描画するのにアンチエイリアスという技術を用います。
主線の周りをアンチエイリアスで発生した中間色が取り囲みます。
（正確に言えば主線に限らず一部を除きありとあらゆる境界線に対し発生します。）

何も知らずに範囲指定を自動選択するとアンチエイリアスの境界線を拾います。
したがって主線と彩色面に隙間が出来、主線の周りが白っぽくなるのです。

この対策は何通りかあります。

・アンチエイリアスを切って主線を2値で描いてしまう。
メリットは楽なこと。
デメリットはそのままだと主線がギザギザになるのでものすごく大きなサイズで作業してから縮小するなどしなければならないこと。＝PCのソフトハード両方に高いスペックが要求されます。

・アンチエイリアス分の選択範囲を拡張する
メリットは楽なこと。
デメリットは主線が細すぎたり、薄すぎたり（アニメでいう色トレス線のような）したときに部分的なレタッチが必要になるということ。
選択範囲の拡張という機能そのものが使いやすいソフト使いにくいソフトがあるということ…くらいでしょうか。

・境界線は手塗りする
メリットは環境に依存しないところ。
デメリットは全部手で塗ることに比べれば楽ですが、それでも手間はかかるということ。

いずれか、或いは複数を複合してケースバイケースで使い分けます。
手のかかる子ほど可愛いとよく言いますが、手をかけた作品ほど可愛くなるものです。
手抜き工事で建てられたビルがどんな不具合を生むかはご存じだと思います。やはり、作る側としては何とかしたいですよね？
タネを明かせば「白っぽくなるのは色が塗れてないからだ」→「だったら塗り足せばいいじゃん」というだけの話なのです。
後はそれをどういうやり方でやるか、ですね。

最後の質問ですが、私の場合旅行に出ては風景やオブジェクトの写真を撮ります。
資料にするというよりは旅行したときの記憶を辿るため、でしょうか。
写真だけで臨場感を再現できるなら良いのですが、私は体験もしていない空間の臨場感をでっち上げられるほど絵が上手くありませんので記憶の引き出しに頼ります。
ですが、現地の空気感を体験していると複数の土地のイメージを組み合わせて架空の空間を作る、というのはやりやすいと思います。