家電デパートでMMSの販促を行っていた新米神姫「ユタカ」は原因不明の爆発事故に遭遇、人々を避難させるために全損してしまう。秘密裏に現場を調査していたユニーカー軍団はその勇気を讃え、彼女のボディを日本海溝の秘密研究所ネオノーチラスへ回収したのだった。

ネオノーチラス……それは昭和の時代から数々の侵略計画を退けてきた、地球防衛の要だ。ユニーカー軍団からユタカの活躍を聞いた片貝あきら博士は「サイボーグとして生かせる」と言い、ミクロマンブリザードの予備素体を元に改造手術を開始した。しかしMMSのCore Setup Chipに宿る彼女の意思と、ミクロマン技術の融合が上手くいかず、サイボーグジャガーと同様にミクロマンとMMSの二つの能力を有したサイボーグが誕生したのだ……。

再起動したユタカは最近多発している事故や災害が、とある異星人の侵略作戦であることを知らされ、共に戦うことを決意する。ユニーカー軍団の指導を受け、ミクロマンが残した訓練プログラムを成し遂げたユタカは、スパイマジシャンの称号を得た。

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戦え、ミクロ武装神姫１号！　地球の平和と子どもたちの未来のために……。



ミクロ武装神姫の超能力をキミだけにそっと伝えよう……。

ユタカは普段は普通のMMSだが、左腕のリングをオメガクロスすることでミクロ武装神姫に変身するのだ。
ボディ　：　ミクロマンブリザードの予備素体をベースにしており、変身後はミクロマンと同等の能力をもつ。
リング　：　スパイマジシャン能力と共にオメガクロスのエネルギーを蓄えている。
ステッキ：　各種ミクロマンメカを召喚し、融合合体することができる。
反重力ジャンパー：　重力を操り、様々な機能をもつ。変身時にボディを防御する。
スーパー流星キック：　サイボーグ１号（片貝健一）から修得した必殺ワザ。衝突の瞬間に重力波攻撃を叩きつける大ワザで、一戦闘に一回しか使えない。